De brouwerij werd gesticht in 1966 door Pierre Celis, enkele jaren nadat de laatste ambachtelijke brouwer van Hoegaarden.
In de jaren tachtig investeerde Celis in de aankoop van Hougardia, een oude limonadefabriek en vormde deze om tot brouwerij. Een paar jaar later werd deze vestiging vernietigd door een brand. Dit ongeluk was de aanleiding voor de overname van de brouwerij door Interbrew, het huidige InBev. Met kapitaal van de Leuvense brouwer werden een aantal belendende panden aangekocht en werden de huidige gebouwen opgetrokken. Naast het Hoegaards Witbier brouwt De Kluis ook nog De Verboden Vrucht, Grand Cru.